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1. 如何防止RNA降解?
1) 逆转录qPCR时,提取RNA是关键,需琼脂糖凝胶电泳检测是否为高质量RNA(纯度和完整性)。
2)整个操作过程需使用无RNA 酶的枪头、EP 管等耗材。
3)逆转录过程中要谨防 RNA酶的污染,加入RNA酶抑制剂。
4)逆转录实验应全程在冰上操作完成,操作过程应避免 RNase 污染。
2. 如何提高 qPCR 反应的灵敏度与特异性?
1)RNA 模板中不应含有扩增反应抑制剂。
2)使用适量的模板 RNA ,模板量太多会降低特异性,太少会导致扩增不出条带或条带太弱。
3)若模板中有二级结构,可通过提高逆转录反应温度来提高扩增效果。
3. 如何检测RNA逆转录成功与否?
1)内参法:理论上,逆转录的cDNA是长度不同的DNA片段,所以电泳条带应该均匀分布在泳道上,如果RNA丰度低,电泳检测也可能无产物,这种情况通过PCR扩增内参基因,如果有扩增产物,cDNA的质量基本上可以保证(少数情况下:如目的基因片段过长,可能会有例外)。
2)已知基因扩增法:如果有已知以此模板扩出来的基因,可以用此基因的引物验证。能扩增出内参,不一定就说明cDNA没有问题,因为内参在cDNA中丰度高,容易扩增。如果cDNA因为各种原因导致部分降解,则会大大影响低丰度的目的基因的PCR结果,而内参因为是高丰度基因,扩增很可能不受影响。
4. 逆转录产物中存在gDNA对后续qPCR实验有何影响?
当cDNA产物中混有gDNA时,cDNA和gDNA在qPCR反应时会被同时扩增,无法区分荧光信号是来自于cDNA还是gDNA,因此定量结果可能会存在偏差。特别是低表达量的基因,本身的扩增信号低,Ct值大,更加容易受到gDNA污染的影响。本产品在逆转录过程中加一步gDNA去除的步骤,能够有效降低gDNA污染的影响,增加实验的可信度。
5. 如何确定合适的RNA量进行逆转录?
先开展预实验将RNA浓度进行梯度稀释后,选取CT值落在15-30的RNA含量。
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