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产品概述
本试剂盒为qPCR反转录专用。试剂盒中包含优化的4×gDNA去除及5×反转录预混液。其中的4×gDNA Remove Mix能有效清除RNA样本中残留的gDNA,从而保证后续qRT-PCR实验的定量结果更加准确可靠。而优化后的5×HP qRT Master Mix合成能力强、灵敏度高,广泛适用于动植物及微生物RNA的逆转录反应,产物兼容染料法和探针法qPCR。
产品特点&优势
—通用性强:基因适用范围广,如细胞、动物组织、植物组织RNA等;
—灵敏度高:本产品可转录低至10pg含量RNA,保证低浓度cDNA模板目的基因的扩增;
—效率优异:在将模板浓度进行梯度稀释后,扩增CT值良好;
—杂质耐受程度高:对于RNA提取过程中乙醇、异丙醇等杂质残留耐受程度高;
—可靠性稳定:本产品对于gDNA去除效果明显(50%gDNA残留可去除),不损伤RNA样本,保证后续qPCR实验结果的可靠性,减少实验误差。
产品组成
*1.含Buffer、dNTP、RT酶、RNase inhibitor、Random primers/Oligo(dT)20 VN primer mix。
*2.除不含RT酶外,其余成分与5×HP qRT Master Mix相同,用于配制No RT阴性对照。
操作流程
1. gDNA去除体系配制
*1.基因表达量低时可增加RNA用量,但不建议超过5µg用量。
1. 用移液器吹打混匀。42℃孵育2 min。
2. 配制逆转录反应体系
在第一步的反应液中直接加入4 µl的5×HP qRT Master Mix,移液枪轻柔地吹打混匀。
配制体系如下:
*2.将5×HP qRT Master Mix替换为NRT预混液可逆转录阴性对照反应,用于检验RNA模板中是否有基因组DNA残留。(可选步骤)
反应程序
*1:对于富含复杂结构和高GC的模板,可将温度调整至50℃,有助于提高反转录效率。
保存条件
-30~-15℃保存,干冰/-20℃运输。
实验案例
1.逆转录效率测试
选取293T细胞提取RNA,将RNA浓度10倍梯度稀释,最低模板浓度梯度为10pg,分别用YoungGEN#RT201和Supplier V产品逆转录,采用内参基因(β-actin)进行后续qPCR实验,实验结果如上图所示。
2.常见杂质耐受程度的影响
分别用乙醇和异丙醇进行耐受度测试,选择5%、10%、20%杂质浓度进行逆转录,扩增结果对比如上图所示。
1. 如何防止RNA降解?
1) 逆转录qPCR时,提取RNA是关键,需琼脂糖凝胶电泳检测是否为高质量RNA(纯度和完整性)。
2)整个操作过程需使用无RNA 酶的枪头、EP 管等耗材。
3)逆转录过程中要谨防 RNA酶的污染,加入RNA酶抑制剂。
4)逆转录实验应全程在冰上操作完成,操作过程应避免 RNase 污染。
2. 如何提高 qPCR 反应的灵敏度与特异性?
1)RNA 模板中不应含有扩增反应抑制剂。
2)使用适量的模板 RNA ,模板量太多会降低特异性,太少会导致扩增不出条带或条带太弱。
3)若模板中有二级结构,可通过提高逆转录反应温度来提高扩增效果。
3. 如何检测RNA逆转录成功与否?
1)内参法:理论上,逆转录的cDNA是长度不同的DNA片段,所以电泳条带应该均匀分布在泳道上,如果RNA丰度低,电泳检测也可能无产物,这种情况通过PCR扩增内参基因,如果有扩增产物,cDNA的质量基本上可以保证(少数情况下:如目的基因片段过长,可能会有例外)。
2)已知基因扩增法:如果有已知以此模板扩出来的基因,可以用此基因的引物验证。能扩增出内参,不一定就说明cDNA没有问题,因为内参在cDNA中丰度高,容易扩增。如果cDNA因为各种原因导致部分降解,则会大大影响低丰度的目的基因的PCR结果,而内参因为是高丰度基因,扩增很可能不受影响。
4. 逆转录产物中存在gDNA对后续qPCR实验有何影响?
当cDNA产物中混有gDNA时,cDNA和gDNA在qPCR反应时会被同时扩增,无法区分荧光信号是来自于cDNA还是gDNA,因此定量结果可能会存在偏差。特别是低表达量的基因,本身的扩增信号低,Ct值大,更加容易受到gDNA污染的影响。本产品在逆转录过程中加一步gDNA去除的步骤,能够有效降低gDNA污染的影响,增加实验的可信度。
5. 如何确定合适的RNA量进行逆转录?
先开展预实验将RNA浓度进行梯度稀释后,选取CT值落在15-30的RNA含量。
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